Les Jaffa sont des humains avec une larve Goa'uld dans leur poche ventrale. Ils descendent des êtres humains de la Terre mais leur planète mère est Dakara, car c'est à Dakara que les Goa'uld implantèrent une de leurs larves pour la première fois dans le ventre d'un humain. Ils sont utilisés par les Goa'uld comme hôtes pour leurs larves et aussi comme guerriers. Les Jaffa vénèrent ces derniers, qu'ils considèrent comme des dieux, leurrés par leur avance technologique. Ils sont réduits en esclavage par les Goa'uld.
Vers l'âge de 12 ans a lieu pour un Jaffa le rituel de la prim'ta : sa poche ventrale est ouverte par les prêtres et une larve Goa'uld y est déposée. Celle-ci va donner au Jaffa une force physique considérable, une espérance de vie longue (200 ans environ) et une immunité totale contre les maladies, mais il ne pourra pas l'enlever sous peine de mourir rapidement. Cette larve va grandir jusqu'au jour où elle sera mature, c'est-à-dire qu'elle sera devenue un symbiote Goa'uld. À ce moment, elle est retirée, implantée à un humain qui deviendra un Goa'uld, et une nouvelle larve est implantée dans la poche ventrale du Jaffa.
La légende raconte que la première prim'ta eut lieu dans le Temple de Dakara (sur la planète du même nom) qui est le lieu le plus sacré de la religion Goa'uld, il y a des millénaires.
Les Jaffa sont divisés en clans, chacun étant au service d'un Goa'uld, qu'ils prennent pour un dieu et qu'ils doivent vénérer comme tel, et cela depuis 10 000 ans. On reconnaît leur clan au tatouage qu'ils portent sur leur front : par exemple les Jaffa au service d'Apophis ont un tatouage en forme de serpent. Il est de couleur noire pour les simples guerriers, les femmes et les enfants. Il est en or massif pour les Grands Prêtres et les Primats. La douleur provoquée par la coulée de l'or est nécessaire puisqu'elle prouve le courage du Jaffa en question.
Un Primat est un Jaffa qui a la confiance de son maître et qui est chef de sa garde personnelle.
En 1997, l'équipe SG-1 fut faite prisonnière par Apophis. Elle fut libérée par Teal'c, le Primat d'Apophis, qui avait compris que les Goa'uld n'étaient pas des dieux et qui a vu ainsi une occasion d'avoir sa liberté. Ce fut le début de la Rébellion des Jaffa libres de notre ère moderne. Elle ne comptait que deux membres au début : Teal'c, membre de SG-1 et son ami et mentor Bra'tac, grand prêtre d'Apophis et ancien Primat de celui-ci. Cependant, il y avait déjà eu une autre rébellion de Jaffa dans le passé. La tribu des Sodan fut en effet la première à se rebeller contre leur Goa'uld il y a plus de 5000 ans. Les Sodan se cachèrent ensuite et plus personne n'entendit parler d'eux depuis, jusqu'à ce que l'équipe SG-1 parte à leur recherche dans la saison 9. La sanglante guerre entre les Grands-Maîtres déclenchée après la mort de Râ en 1996 et les victoires terriennes contre ceux-ci ouvrèrent les yeux à de nombreux Jaffa qui se joignirent à la Résistance. Ils purent ainsi former une véritable armée avec des vaisseaux. Le dernier acte de cette guerre eut lieu en 2004. Les Réplicateurs ont trouvé notre Galaxie et ils ont tenté de l'envahir, anéantissant la plupart des mondes de l'Empire Goa'uld. De plus, le plus puissant Goa'uld à ce moment, Baal, ne put empêcher les Jaffa Libres de prendre possession du Temple de Dakara, ce qui prouva aux nombreux Jaffa encore au service des Goa'uld que ceux-ci n'étaient pas des dieux.
Les Jaffa sont maintenant libres. Ils sont gouvernés par un Haut Conseil, dont Gerak a été le premier président. Le nombre de sièges au conseil est attribué par clan en fonction de la puissance militaire de ceux-ci. Les Jaffa sont cependant au bord de la guerre civile depuis qu'une nouvelle menace est apparue : les Ori. En effet, certains Jaffa sont convertis à la religion des Ori. Or, pour un croyant de cette religion, exterminer les infidèles est un devoir. Gerak lui-même s'est converti à la nouvelle religion et il est devenu un Prêcheur des Ori. Teal'c et Bra'tac tentent d'éviter la confrontation. Et Gerak finit par trahir les Ori qui l'immolent sur le champ. Mais il reste encore des adeptes des Ori parmi les Jaffa.
