Bien avant l'annonce du téléfilm de stargate atlantis: extinction, et son anulation, les scénaristes c'étaient réunie pour évoquer leurs idées pour la saison 6 de stargate atlantis. Bien que la plus parts des idées des scénarios des épisodes étaient surtout de simples ébauches certaines idées étaient assez développé, comme l'arc de cette saison qui était centré sur le voyage dans le temps.
Puis suites aux mauvaises audiance de la série et aux problèmes financier de la MGM, seuls les 2 premiers épisodes de cette saison 6 ont été gardé pour en faire un film: stargate extinction:
Voici les grandes lignes du scénarios:
Dans la scène d'ouverture du téléfilm, deux astronautes marchent sur la Lune. Amelia Banks et le Major Evan Lorne poursuivent leur balade lunaire qui se termine (du point de vue des téléspectateurs) par la découverte de la cité d'Atlantis. On aperçoit également un Jumper transportant le Colonel Samantha Carter et un groupe de généraux qui viennent de faire le voyage Terre/Lune.
Dans la cité, Carter et ses invités retrouvent l'équipe scientifique dirigée par le docteur Rodney McKay qui est frustré de devoir interrompre ses recherches pour satisfaire aux obligations d'une réunion scientifique avec des militaires. Alors que le docteur fait preuve d'une grande impatience, le déclenchement d'une alarme vient interrompre cette réunion obligeant Carter, McKay et Zelenka à aller voir ce dont il s'agit.
L'examen des systèmes de la cité révèle une nouvelle effrayante : l'autodestruction a été enclenchée. Devant l'urgence de la situation, McKay explique qu'il s'agit d'une mesure de protection mise en place par les Lantiens pour le cas où Atlantis serait amenée à quitter la galaxie de Pégase. De plus, l'autodestruction ne peut être désactivée une fois qu'elle a été initiée. La seule solution qui se présente alors est un retour de la cité ancienne dans Pégase, ce qui aura pour effet de neutraliser le dispositif de sauvegarde mais dans la situation actuelle, effectuer ce retour est plus facile à dire qu'à faire...