Pour la saison 3 de stargate universe, les scénaristes avaient envisagé plusieurs scénarios possible pour l'équipage du destiny, que l'on a laissé en stase dans le final de la saison 2.
Le 1er scénario envisagé était que Eli réussisse à réparer le caison de stase qui était endommagé, et qu'il se réveil avec les autres membres de l'équipage 3 ans plus tard. Mais cette idée étant la plus simple, les scénaristes ont pensé à 2 autres solutions. Soit Eli réussie a survivre en détournant l'énergie de la navette pour lui permettre de rester en vie pendant 3 ans.Ou soit Eli ne parvient pas à réparer le caisson de stase, et ne voyant qu'une seule solution, il télécharge sa conscience dans l'ordinateur du Destiny. Cependant cette dernière idée était plus réservé à un éventuel film, étant donné que les scénaristes ne pouvaient pas imaginer qu'un personnage principale puisse exister sous cette forme durant toute une saison. Cela dit cela lui aurait permis de retrouver Ginn, et cela aurait été un scénario intéréssant.
Le 2nd scénario envisagé était le sauvetage des membres de l'équipage par une équipe de secours. Durant ces 3 années, les terriens auraient eu le temps de retrouve une planète de type icare ou cela aurait pu être une invention de Carter et Mckay. Mais ce sauvetage aurait pu durer plus longtemps. En effet il a été envisagé que les terriens auraient mit 10 ans a secourir le Destiny. Ce qui aurait été intérréssant car cela aurait permis de découvrir tout ce qui se serait passé sur Terre depuis toutes ces années. Et ont aurait pu savoir le dénoument du conflit entre la terre et l'alliance luxienne. Ou bien l'idée la plus intéréssante aurait été de découvrir la terre après la révélation du programme porte des étoiles.
Le 3eme scénario envisagé et le préféré de Mallozzi, était le sauvetage du Destiny plusieurs centaines d'années plus tard, et cela par les descendants d'une société militaire très avancés technologiquement et qui maitrise les voyages interstellaires et dispose d'une armada de vaisseaux conséquente. Cependant, leurs motivations s'avèrent moins honorables qu'il n'en a l'air.
Dernier scénarios envisagé: des films!!
Puis finalement avec l'annulation de la saison 3 de stargate universe, il y avait eu l'idée comme pour SGA, de faire un film, ou plutôt 2 films. Le premier axé sur l'opération de sauvetage (avec des guest stars telles Samantha Carter, Rodney McKay et Daniel Jackson) et le deuxième centré sur une aventure qui aurait eu pour conclusion l'aboutissement de la mission du Destiny. Mais ce n'est pas tout car "l'idée est ahurissante pour la série et la franchise Stargate". En effet ce dernier n’aurait pas été que SGU, il aurait couvert toute la franchise Stargate!!!
« J’avais l’intention d’incorporer des éléments de Stargate SG-1 et Atlantis, pour faire un film Stargate, pas seulement Universe, » a déclaré Brad Wright à TV Squad. « La combinaison des éléments était le seul moyen que j’ai trouvé pour condenser ce qui aurait dû être un long arc en un seul film. »
« Je pense qu’on aurait pu faire d’une pierre deux coups et rendre heureux les fans des trois séries, c’est une chose qui manque à la franchise, » a expliqué Blue. « Je déteste voir ce schisme dans le fandom, mais il semble que ce soit de plus en plus fréquent ces jours-ci … Ça aurait été sympa de voir tout le monde se rassembler en faveur d’une seule chose. »